Il Corso si propone di fornire allo studente gli strumenti conoscitivi e metodologici necessari per: 1) comprendere e prevedere le strutture secondarie, terziarie e quaternarie delle proteine; 2) comprendere i metodi di validazione degli strumenti previsionali; 3) conoscere e utilizzare le principali banche dati utili alla biologia strutturale.
Prerequisiti
Conoscenze di primo livello in chimica organica e inorganica, fisica chimica, biologia molecolare, biochimica, biologia strutturale e statistica.
Metodi didattici
Lezioni frontali durante le quali sono affrontati sia argomenti teorici sia problemi pratici.
Verifica Apprendimento
Colloquio orale volto a accertare le competenze acquisite e la comprensione dei principali strumenti di calcolo per la previsione strutturale, tra cui la capacità di utilizzare gli strumenti informatici di grafica molecolare. Ogni studente potrà scegliere un argomento di esame e il docente ne sceglierà altri due.
Testi
(i) Appunti di bioinformatica strutturale per biologi, biotecnologi e chimici. Carugo Oliviero, 2011, Pavia University Press. (ii) Protein Bioinformatics: From Sequence to Function. M.Michael Gromiha, 2010, Academic Press.
Contenuti
Il corso si divide in tre parti principali. (1) Si richiama e approfondisce la conoscenza della struttura tridimensionale delle proteine e dei loro complessi e si introduce l’uso della grafica molecolare per rappresentare strutture complesse. (2) Si presentano le principali tecniche di previsione strutturale (struttura secondaria, disordine conformazionale, accessibilità al solvente, struttura terziaria – modellazione per omologia e per riconoscimento di fold – struttura quaternaria, annotazione funzionale) oltre alle banche dati di interesse strutturistico (PDB, CATH, SCOP etc.) e alle strategie di aggiornamento professionale. (3) Si approfondisce la conoscenza di alcune tecniche computazionali utili alla bioinformatica strutturale, quali le macchine a vettori di supporto, le reti neurali artificiali, la meccanica e la dinamica molecolari.
Lingua Insegnamento
ITALIANO
Altre informazioni
Gli studenti sono incoraggiati a contattare il docente (per posta elettronica o di persona al termine delle lezioni) per discutere di qualsiasi problema pedagogico relativo al corso e ricevere (in presenza o da remoto) spiegazioni e chiarimenti. Gli studenti che non possono seguire le lezioni, per esempio per motivi di lavoro o di salute, dovranno contattare il docente per concordare appuntamenti, anche a distanza, per ottenere un sostegno didattico integrativo e per verificare il loro livello di apprendimento e comprensione.
