Novel approach identifies SNPs in SLC2A10 and KCNK9 with evidence for parent-of-origin effect on body mass index
Articolo
Data di Pubblicazione:
2014
Abstract:
The phenotypic effect of some single nucleotide polymorphisms (SNPs) depends on their parental origin. We present a novel approach to detect parent-of-origin effects (POEs) in genome-wide genotype data of unrelated individuals. The method exploits increased phenotypic variance in the heterozygous genotype group relative to the homozygous groups. We applied the method to >56,000 unrelated individuals to search for POEs influencing body mass index (BMI). Six lead SNPs were carried forward for replication in five family-based studies (of ∼4,000 trios). Two SNPs replicated: the paternal rs2471083-C allele (located near the imprinted KCNK9 gene) and the paternal rs3091869-T allele (located near the SLC2A10 gene) increased BMI equally (beta = 0.11 (SD), P<0.0027) compared to the respective maternal alleles. Real-time PCR experiments of lymphoblastoid cell lines from the CEPH families showed that expression of both genes was dependent on parental origin of the SNPs alleles (P<0.01). Our scheme opens new opportunities to exploit GWAS data of unrelated individuals to identify POEs and demonstrates that they play an important role in adult obesity.
Tipologia CRIS:
1.1 Articolo in rivista
Elenco autori:
Hoggart, C. J.; Venturini, G.; Mangino, M.; Gomez, F.; Ascari, G.; Zhao, J. H.; Teumer, A.; Winkler, T. W.; Tsernikova, N.; Luan, J.; Mihailov, E.; Ehret, G. B.; Zhang, W.; Lamparter, D.; Esko, T.; Mace, A.; Rueger, S.; Bochud, P. -Y.; Barcella, M.; Dauvilliers, Y.; Benyamin, B.; Evans, D. M.; Hayward, C.; Lopez, M. F.; Franke, L.; Russo, A.; Heid, I. M.; Salvi, E.; Vendantam, S.; Arking, D. E.; Boerwinkle, E.; Chambers, J. C.; Fiorito, G.; Grallert, H.; Guarrera, S.; Homuth, G.; Huffman, J. E.; Porteous, D.; Moradpour, D.; Iranzo, A.; Hebebrand, J.; Kemp, J. P.; Lammers, G. J.; Aubert, V.; Heim, M. H.; Martin, N. G.; Montgomery, G. W.; Peraita-Adrados, R.; Santamaria, J.; Negro, F.; Schmidt, C. O.; Scott, R. A.; Spector, T. D.; Strauch, K.; Volzke, H.; Wareham, N. J.; Yuan, W.; Bell, J. T.; Chakravarti, A.; Kooner, J. S.; Peters, A.; Matullo, G.; Wallaschofski, H.; Whitfield, J. B.; Paccaud, F.; Vollenweider, P.; Bergmann, S.; Beckmann, J. S.; Tafti, M.; Hastie, N. D.; Cusi, D.; Bochud, M.; Frayling, T.; Metspalu, A.; Jarvelin, M. -R.; Scherag, A.; Smith, G. D.; Borecki, I. B.; Rousson, V.; Hirschhorn, J. N.; Rivolta, C.; Loos, R. J. F.; Kutalik, Z.; de Bakker, P.; Bultmann, U.; Geleijnse, M.; van der Harst, P.; Koppelman, G.; Rosmalen, J. G. M.; van Rossum, L.; Smidt, H.; Swertz, M. A.; Stolk, R. P.; Alizadeh, B.; de Boer, R.; Boezen, H. M.; Bruinenberg, M.; Hillege, H.; Van der Klauw, M. M.; Navis, G.; Ormel, J.; Postma, D.; Slaets, J.; Snieder, H.; Wolffenbuttel, B. H. R.; Wijmenga, C.; Berg, J.; Blackwood, D.; Campbell, H.; Cavanagh, J.; Connell, J. M.; Connor, M.; Cunningham-Burley, S.; Deary, I.; Dominiczak, A.; Ellis, P.; Fitzpatrick, B.; Ford, I.; Gertz, R.; Grau, A.; Haddow, G.; Jackson, C.; Kerr, S.; Lindsay, R.; Mcgilchrist, M.; Mcintyre, D.; Morris, A.; Morton, R.; Muir, W.; Murray, G.; Randy, P.; Pell, J.; Philp, A.; Porteous, M.; Procter, R.; Ralston, S.; Reid, D.; Sinnott, R.; Smith, B.; St Clair, D.; Sullivan, F.; Sweetland, M.; Ure, J.; Watt, G.; Wolf, R.; Wright, A.; Berndt, S. I.; Gustafsson, S.; Magi, R.; Ganna, A.; Wheeler, E.; Feitosa, M. F.; Justice, A. E.; Monda, K. L.; Croteau-Chonka, D. C.; Day, F. R.; Fall, T.; Ferreira, T.; Gentilini, D.; Jackson, A. U.; Randall, J. C.; Vedantam, S.; Willer, C. J.; Wood, A. R.; Workalemahu, T.; Hu, Y. -J.; Hong Lee, S.; Liang, L.; Lin, D. -Y.; Min, J. L.; Neale, B. M.; Thorleifsson, G.; Yang, J.; Albrecht, E.; Amin, N.; Bragg-Gresham, J. L.; Cadby, G.; den Heijer, M.; Eklund, N.; Fischer, K.; Goel, A.; Hottenga, J. -J.; Jarick, I.; Johansson, A.; Johnson, T.; Kanoni, S.; Kleber, M. E.; Konig, I. R.; Kristiansson, K.; Lamina, C.; Lecoeur, C.; Li, G.; Mcardle, W. L.; Medina-Gomez, C.; Muller-Nurasyid, M.; Ngwa, J. S.; Nolte, I. M.; Paternoster, L.; Pechlivanis, S.; Perola, M.; Peters, M. J.; Preuss, M.; Rose, L. M.; Shi, J.; Shungin, D.; Smith, A. V.; Strawbridge, R. J.; Surakka, I.; Trip, M. D.; Tyrer, J.; Van Vliet-Ostaptchouk, J. V.; Vandenput, L.; Waite, L. L.; Absher, D.; Asselbergs, F. W.; Atalay, M.; Attwood, A. P.; Balmforth, A. J.; Basart, H.; Beilby, J.; Bonnycastle, L. L.; Brambilla, P.; Chasman, D. I.; Chines, P. S.; Collins, F. S.; Cookson, W.; de Faire, U.; de Vegt, F.; Dei, M.; Dimitriou, M.; Edkins, S.; Estrada, K.; Farrall, M.; Ferrario, M. M.; Ferrieres, J.; Frau, F.; Gejman, P. V.; Gronberg, H.; Gudnason, V.; Hall, A. S.; Hall, P.; Hartikainen, A. -L.; Heard-Costa, N. L.; Heath, A. C.; Hu, F. B.; Hunt, S. E.; Hypponen, E.; Iribarren, C.; Jacobs, K. B.; Jansson, J. -O.; Jula, A.; Kahonen, M.; Kathiresan, S.; Kee, F.; Khaw, K. -T.; Kivimaki, M.; Koenig, W.; Kraja, A. T.; Kumari, M.; Kuulasmaa, K.; Kuusisto, J.; Laitinen, J. H.; Lakka, T. A.; Langenberg, C.; Launer, L. J.; Lind, L.; Lindstrom, J.; Liu, J.; Liuzzi, A.; Lokki, M. -L.; Lorentzon, M.; Madden, P. A.; Magnusson, P. K.; Manunta, P.; Marek, D.; Ma rz, W.; Leach, I. M.; Mcknight, B.; Medland, S. E.; Milani, L.; Mooser, V.; Muhleisen, T. W.; Munroe, P. B.; Musk, A. W.; Narisu, N.; Nicholson, G.
Link alla scheda completa:
Pubblicato in: