509637 - PRINCIPI DI BIOINFORMATICA

insegnamento

ID:

509637

Durata (ore):

48

CFU:

SSD:

BIOLOGIA MOLECOLARE

Anno:

2024

Periodo di attività

Secondo Semestre (03/03/2025 - 13/06/2025)

Obiettivi Formativi

Al termine del corso lo studente sarà in grado di:
- individuare la fonte più appropriata per recuperare informazioni su organismi biologici e loro funzioni
- applicare diversi strumenti bioinformatici e database online per svolgere ricerche e analisi
- valutare e confrontare l’insieme delle informazioni raccolte per raggiungere una conclusione sulle funzionalità biologiche o scelte sperimentali da effettuare
- risolvere un quesito biologico e comunicare i risultati delle analisi bioinformatiche in modo coerente e integrato

Prerequisiti

Lo studente dovrà possedere i concetti di base di biologia molecolare e genetica (funzione e struttura di un gene, trascritti, DNA, RNA, trascrizione, traduzione). Conoscenze di biochimica e biologia cellulare non sono essenziali ma sono consigliate.

Metodi didattici

Il corso farà un uso significativo di strumenti di “blended learning”, in cui il semplice trasferimento di informazioni avviene solo in parte durante le lezioni frontali.
Ci si attenderà che lo studente utilizzi la piattaforma Kiro sia per letture e approfondimenti, che per autovalutazioni.
Le lezioni in classe saranno prevalentemente dedicate a dimostrazioni pratiche, discussioni e problem solving, attraverso una didattica interattiva: demo, lavoro di gruppo, uso di quiz e feedback in tempo reale.

Le più appropriate modalità didattiche inclusive saranno individuate di volta in volta per studenti appartenenti alle differenti categorie previste dall’Ateneo.

Verifica Apprendimento

L’esame si svolgerà in una unica sessione, in cui allo studente:
- sarà assegnato un problema biologico (natura, funzionalità, caratteristiche di un gene, proteina o genoma)
- sarà chiesto di recuperare le informazioni necessarie a risolvere/rispondere al problema usando gli strumenti conosciuti
- si chiederà di esporre le scelte fatte per la ricerca delle informazioni, e le conclusioni tratte dai risultati per rispondere al problema iniziale.

Testi

Si utilizzeranno prevalentemente materiali a disposizione liberamente, video e tutorials.
L’adozione di un testo sarà discussa con gli studenti.

Contenuti

Il corso affronterà strumenti di largo utilizzo, che saranno utili agli studenti in qualunque percorso anche molecolare volessero intraprendere in futuro.
In particolare si affronteranno i seguenti argomenti:
- genome browsers e database biologici
- annotazione dei genomi
- predizione dell’effetto biologico di mutazioni
- recupero e utilizzo di genomi da database pubblici
- generazione e analisi di dati da next generation sequencing
- recupero e utilizzo di dati NGS da database pubblici
- allineamenti e filogenetica
- BLAST e ricerche di similarità di sequenza
- proteine e analisi di struttura
- atlanti di espressione
- rilevanza clinica di mutazioni e mutazioni rare
- elementi di biopython per velocizzare le ricerche bioinformatiche

Lingua Insegnamento

ITALIANO

Altre informazioni

Il docente è a disposizione degli studenti sia tramite e-mail e negli orari di ricevimento da concordare, sia tramite strumenti collaborativi: un canale dedicato verra predisposto su Slack per discussioni e conversazioni.