Data di Pubblicazione:
2020
Abstract:
Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, for which whole-genome and—for a subset—whole-transcriptome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types was aggregated, we systematically investigated potential viral pathogens using a consensus approach that integrated three independent pipelines. Viruses were detected in 382 genome and 68 transcriptome datasets. We found a high prevalence of known tumor-associated viruses such as Epstein–Barr virus (EBV), hepatitis B virus (HBV) and human papilloma virus (HPV; for example, HPV16 or HPV18). The study revealed significant exclusivity of HPV and driver mutations in head-and-neck cancer and the association of HPV with APOBEC mutational signatures, which suggests that impaired antiviral defense is a driving force in cervical, bladder and head-and-neck carcinoma. For HBV, HPV16, HPV18 and adeno-associated virus-2 (AAV2), viral integration was associated with local variations in genomic copy numbers. Integrations at the TERT promoter were associated with high telomerase expression evidently activating this tumor-driving process. High levels of endogenous retrovirus (ERV1) expression were linked to a worse survival outcome in patients with kidney cancer.
Tipologia CRIS:
1.1 Articolo in rivista
Elenco autori:
Zapatka, M.; Borozan, I.; Brewer, D. S.; Iskar, M.; Grundhoff, A.; Alawi, M.; Desai, N.; Sultmann, H.; Moch, H.; Alawi, M.; Borozan, I.; Cooper, C. S.; Desai, N.; Eils, R.; Ferretti, V.; Grundhoff, A.; Iskar, M.; Kleinheinz, K.; Lichter, P.; Nakagawa, H.; Ojesina, A. I.; Pedamallu, C. S.; Schlesner, M.; Su, X.; Zapatka, M.; Eils, R.; Ferretti, V.; Lichter, P.; Aaltonen, L. A.; Abascal, F.; Abeshouse, A.; Aburatani, H.; Adams, D. J.; Agrawal, N.; Ahn, K. S.; Ahn, S. -M.; Aikata, H.; Akbani, R.; Akdemir, K. C.; Al-Ahmadie, H.; Al-Sedairy, S. T.; Al-Shahrour, F.; Alawi, M.; Albert, M.; Aldape, K.; Alexandrov, L. B.; Ally, A.; Alsop, K.; Alvarez, E. G.; Amary, F.; Amin, S. B.; Aminou, B.; Ammerpohl, O.; Anderson, M. J.; Ang, Y.; Antonello, D.; Anur, P.; Aparicio, S.; Appelbaum, E. L.; Arai, Y.; Aretz, A.; Arihiro, K.; Ariizumi, S. -I.; Armenia, J.; Arnould, L.; Asa, S.; Assenov, Y.; Atwal, G.; Aukema, S.; Auman, J. T.; Aure, M. R. R.; Awadalla, P.; Aymerich, M.; Bader, G. D.; Baez-Ortega, A.; Bailey, M. H.; Bailey, P. J.; Balasundaram, M.; Balu, S.; Bandopadhayay, P.; Banks, R. E.; Barbi, S.; Barbour, A. P.; Barenboim, J.; Barnholtz-Sloan, J.; Barr, H.; Barrera, E.; Bartlett, J.; Bartolome, J.; Bassi, C.; Bathe, O. F.; Baumhoer, D.; Bavi, P.; Baylin, S. B.; Bazant, W.; Beardsmore, D.; Beck, T. A.; Behjati, S.; Behren, A.; Niu, B.; Bell, C.; Beltran, S.; Benz, C.; Berchuck, A.; Bergmann, A. K.; Bergstrom, E. N.; Berman, B. P.; Berney, D. M.; Bernhart, S. H.; Beroukhim, R.; Berrios, M.; Bersani, S.; Bertl, J.; Betancourt, M.; Bhandari, V.; Bhosle, S. G.; Biankin, A. V.; Bieg, M.; Bigner, D.; Binder, H.; Birney, E.; Birrer, M.; Biswas, N. K.; Bjerkehagen, B.; Bodenheimer, T.; Boice, L.; Bonizzato, G.; De Bono, J. S.; Boot, A.; Bootwalla, M. S.; Borg, A.; Borkhardt, A.; Boroevich, K. A.; Borozan, I.; Borst, C.; Bosenberg, M.; Bosio, M.; Boultwood, J.; Bourque, G.; Boutros, P. C.; Bova, G. S.; Bowen, D. T.; Bowlby, R.; Bowtell, D. D. L.; Boyault, S.; Boyce, R.; Boyd, J.; Brazma, A.; Brennan, P.; Brinkman, A. B.; Bristow, R. G.; Broaddus, R. R.; Brock, J. E.; Brock, M.; Broeks, A.; Brooks, A. N.; Brooks, D.; Brors, B.; Brunak, S.; Bruxner, T. J. C.; Bruzos, A. L.; Buchanan, A.; Buchhalter, I.; Buchholz, C.; Bullman, S.; Burke, H.; Burkhardt, B.; Burns, K. H.; Busanovich, J.; Bustamante, C. D.; Butler, A. P.; Butte, A. J.; Byrne, N. J.; Borresen-Dale, A. -L.; Caesar-Johnson, S. J.; Cafferkey, A.; Cahill, D.; Calabrese, C.; Caldas, C.; Calvo, F.; Camacho, N.; Campbell, P. J.; Campo, E.; Cantu, C.; Cao, S.; Carey, T. E.; Carlevaro-Fita, J.; Carlsen, R.; Cataldo, I.; Cazzola, M.; Cebon, J.; Cerfolio, R.; Chadwick, D. E.; Chakravarty, D.; Chalmers, D.; Chan, C. W. Y.; Chan, K.; Chan-Seng-Yue, M.; Chandan, V. S.; Chang, D. K.; Chanock, S. J.; Chantrill, L. A.; Chateigner, A.; Chatterjee, N.; Chayama, K.; Chen, H. -W.; Chen, J.; Chen, K.; Chen, Y.; Chen, Z.; Cherniack, A. D.; Chien, J.; Chiew, Y. -E.; Chin, S. -F.; Cho, J.; Cho, S.; Choi, J. K.; Choi, W.; Chomienne, C.; Chong, Z.; Choo, S. P.; Chou, A.; Christ, A. N.; Christie, E. L.; Chuah, E.; Cibulskis, C.; Cibulskis, K.; Cingarlini, S.; Clapham, P.; Claviez, A.; Cleary, S.; Cloonan, N.; Cmero, M.; Collins, C. C.; Connor, A. A.; Cooke, S. L.; Cope, L.; Corbo, V.; Cordes, M. G.; Cordner, S. M.; Cortes-Ciriano, I.; Covington, K.; Cowin, P. A.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C. J.; Cun, Y.; Curley, E.; Cutcutache, I.; Czajka, K.; Czerniak, B.; Dagg, R. A.; Danilova, L.; Davi, M. V.; Davidson, N. R.; Davies, H.; Davis, I. J.; Davis-Dusenbery, B. N.; Dawson, K. J.; De La Vega, F. M.; De Paoli-Iseppi, R.; Defreitas, T.; Tos, A. P. D.; Delaneau, O.; Demchok, J. A.; Demeulemeester, J.; Demidov, G. M.; Demircioglu, D.; Dennis, N. M.; Denroche, R. E.; Dentro, S. C.; Desai, N.; Deshpande, V.; Deshwar, A. G.; Desmedt, C.; Deu-Pons, J.; Dhalla, N.; Dhani, N. C.; Dhingra, P.; Dhir, R.; Dibiase, A.; Diamanti, K.; Ding, L.; Ding, S.; Dinh, H. Q.; Dirix, L.; Doddapaneni, H. V.; Donmez, N.; Dow, M. T.; Dra
Link alla scheda completa:
Pubblicato in: