Il microbiota in salute, in malattia e nel piatto

Lo sviluppo recente di nuove tecnologie molecolari (Next Generation Sequencing, NGS) ha dato un sostanziale contributo per l’identificazione della composizione dei complessi consorzi microbici che popolano ogni nicchia ecologica del nostro pianeta, dal corpo degli insetti agli oceani e ai sedimenti sottostanti. Le piattaforme di Next generation o Deep sequencing (NGS), caratterizzate da performances sinora impensabili, garantiscono una sensibilità tale da consentire l’identificazione efficiente anche di specie molto rare e stanno fornendo un’opportunità senza precedenti per studiarne diversità globale, fisiologia, ecologia e filogenesi. Per esempio, il 454 massively parallel tag sequencing (MPTS) e la sempre più diffusa piattaforma Illumina sono in grado di produrre, per ogni campione analizzato, centinaia di migliaia di brevi sequenze del gene 16S che vengono poi sottoposte a ulteriore indagine tassonomica mediante pipelines bioinformatiche in seguito alla quale possono essere identificate anche quelle specie microbiche che non possono essere coltivate. Ne deriva un vasto potenziale applicativo nel campo della diagnostica e della ricerca per la salute umana e nel capo ecologico ambientale per la identificazione di generi e specie microbiche importnati epr la detossificazione ambientale.