Il corso si propone di fornire agli studenti conoscenze teoriche e strumenti pratici per lo studio dell’evoluzione e dell’epidemiologia, sia da un punto di vista generale, che nello specifico per lo studio di agenti patogeni. Tali competenze comprenderanno la familiarità con approcci filogenetici e il loro utilizzo per la caratterizzazione di patogeni e per la ricostruzione di eventi epidemici a partire da sequenze genomiche.
Prerequisiti
Conoscenze di base di biologia molecolare, genetica ed evoluzione. Per le esercitazioni pratiche, si richiedono inoltre conoscenze di base di bioinformatica e statistica, incluso l’utilizzo della riga di comando.
Metodi didattici
Il corso si svolgerà attraverso lezioni frontali ed esercitazioni pratiche bioinformatiche. Il materiale didattico (comprese le presentazioni delle lezioni frontali) verrà messo a disposizione attraverso la piattaforma Kiro. Per le esercitazioni pratiche, è richiesto un computer portatile. Gli studenti verranno guidati nell’installazione e utilizzo dei software necessari. Le attività pratiche avranno il fine di integrare le conoscenze teoriche progressivamente acquisite durante il corso, e saranno svolte con assistenza da parte del docente e del tutor. Questo permetterà di massimizzare le connessioni fra la comprensione delle nozioni teoriche di filogenesi ed epidemiologia trattate nel corso e i relativi approcci pratici di analisi.
Verifica Apprendimento
L’esame consisterà in una prova orale. Durante l’esame verranno verificate le competenze acquisite, sia su concetti di base e teorici, sia attraverso domande di ragionamento ed eventuali esempi pratici. Il voto farà media con il voto dell’esame del primo modulo previsto al primo semestre.
Testi
Non ci sono testi obbligatori. Per la preparazione saranno sufficienti il materiale didattico fornito durante le lezioni e gli appunti. Per eventuali approfondimenti, si consigliano: -Fenselstein J. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates -Rothman KJ Epidemiology: An Introduction. Oxford University Press
Contenuti
Il corso sarà suddiviso in due sezioni principali. La prima sezione verterà sull’inferenza filogenetica. Verranno presentate le basi teoriche e vari approcci filogenetici, con particolare riferimento alle analisi su organismi patogeni. Nella seconda sezione verranno trattate le basi dell’epidemiologia, da un punto di vista generale e specifico delle malattie ad eziologia infettiva. Durante le esercitazioni verranno forniti gli strumenti pratici per affrontare alcuni esempi di casistiche trattate durante il corso, integrando così le lezioni frontali.